Lors de la saisie de l'analyse initiale (étape 0) des erreurs (incohérences) dans l'analyse initiale peuvent faire croire qu'un traitement, simulé par LPLWin, modifie par erreur un paramètre, alors que le traitement utilisé ne le devrait théoriquement pas.
Par exemple, si l'on saisit, dans l'étape 0, le calcium et le magnésium, ainsi qu'un TH erroné par rapport au calcium et magnésium saisis :
Pour l'étape suivante, après traitement, LPLWin va toujours recalculer le TH à partir du calcium et du magnésium, même si le traitement ne modifie par ce paramètres. Le TH semblera alors modifié par un traitement qui théoriquement ne le devrait pas, alors que le TH est simplement recalculé à partir du calcium et du magnésium, et donc corrigé par LPLWin.
L'origine de cette modification du TH est donc l'incohérence de l'analyse saisie et non le traitement appliqué.